Angiopatia amiloide cerebrale (CAA) Cod.R-176S259

Angiopatia amiloide cerebrale (CAA) è una condizione caratterizzata dalla deposizione di proteine beta-amiloide nelle pareti dei vasi sanguigni nel cervello, che può portare a sanguinamenti cerebrali ricorrenti e deterioramento cognitivo. Mentre la forma sporadica di CAA è la più comune, esistono anche forme genetiche ereditarie associate a mutazioni genetiche specifiche. La CAA genetica può presentarsi con sintomi simili alla forma sporadica, inclusi emicranie ricorrenti, ictus, declino cognitivo e demenza. Tuttavia, la CAA genetica tende ad insorgere a un'età più precoce e può avere una progressione più rapida.
8 geni
8% nei soggetti tra 70/84 anni 12% nei soggetti > 85 anni
Pannello multigenico mirato alla diagnosi molecolare delle sindromi caratterizzate da angiopatia amiloide cerebrale (CAA).

Metodo: Sequenziamento NGS, determinazione di SNV (Single Nucleotide Variants), piccole inserzioni e delezioni e CNV (Copy Number Variants).

Limiti: Il test non è in grado di determinare la presenza di eventi somatici poco rappresentati, riarrangiamenti cromosomici bilanciati, eventi di espansione nucleotidica di regioni ripetute, CNV <3 esoni contigui.

Alcuni geni possono presentare zone con basso coverage, dove necessario o su specifica richiesta, nei limiti delle limitazioni metodologiche, è possibile completare il sequenziamento con metodiche alternative (Sanger).

Alcuni geni possono essere duplicati nel genoma (pseudogeni), questo può inficiare l'analisi. 

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Preparazione del campione

Il campione di elezione è il sangue.

Sono sufficienti due provette tappo viola (K2DTA) con 4-5 ml di sangue ciascuna per l’adulto o 1-2 ml per il bambino.

  • Conservare a +4 gradi fino alla spedizione; NON CONGELARE

  • Spedire il campione a temperatura ambiente negli appositi contenitori entro 2-3 giorni.

  • Il campione deve arrivare al laboratorio entro 4 giorni​​

R&I Genetics può inviare ai medici su richiesta mail info@rigenetics.comdei kit completi per il prelievo di sangue, inclusa busta di spedizione.

Il kit può essere ritirato all’indirizzo comunicato per mail a info@rigenetics.com da un corriere con spese a carico di R&I Genetics.

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Refertazione

Il referto sarà disponibile entro 8-12 settimane dal ricevimento del campione per l'analisi di pannelli di geni e di geni singoli; per l’analisi dell’esoma o del genoma in trio il referto sarà disponibile entro 12-20 settimane.

Il referto originale sarà inviato per corriere al Medico richiedente e sarà disponibile e scaricabile dall’area riservata del nostro sito dallo stesso Medico.

R&I Genetics terrà informato il Medico richiedente sull’iter dell’analisi mediante mail.

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Le nostre analisi

R&I Genetics è un laboratorio accreditato con il Sistema Sanitario Nazionale specializzato nella diagnosi di malattie ereditarie, sia rare che comuni.

Offriamo una gamma completa di analisi genetiche, che spaziano dall'analisi di singoli geni a pannelli di geni, fino al sequenziamento dell'esoma e del genoma.

R&I Genetics collabora attivamente con i principali centri ospedalieri e universitari italiani, garantendo un alto livello di competenza e supporto nella diagnosi genetica.

 

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La tecnologia

R&I Genetics utilizza il sequenziamento di nuova generazione (Next Generation Sequencing, NGS) oltre che analisi CGH, sequenziamento Sanger, analisi MLPA, per analizzare il DNA dei pazienti. L'identificazione delle varianti responsabili di malattie può portare ad una diagnosi, determinare la prognosi ed aiutare a selezionare i trattamenti più appropriati oltre che definire il rischio di ricorrenza famigliare.

La tecnologia NGS consente un'analisi approfondita di migliaia di geni rilevanti a livello clinico in un lasso di tempo che facilita l'azione clinica e la possibilità di effettuare la quasi totalità degli approfondimenti diagnostici di laboratorio, rende R&I Genetics un punto di riferimento per la diagnosi delle malattie rare genetiche.

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Soluzioni innovative

R&I Genetics offre un servizio completo di test genetici NGS (Next Generation Sequencing), CGH, MLPA, TP-PCR, QF-PCR e Sanger eseguito interamente nei propri laboratori, in grado di rispondere a tutte le esigenze cliniche in ambito genetico.

R&I Genetics opera da oltre 20 anni nel territorio italiano ed ha sviluppato un know-how unico nella diagnosi delle malattie rare con la creazione di database proprietari di associazione genotipo-fenotipo in grado di aumentare la sensibilità diagnostica dei test offerti.

R&I Genetics offre un servizio completo che include analisi del campione ed eventualmente suo ritiro, interpretazione delle varianti, segregazione nei famigliari, redazione del referto con indicazioni dei database e della letteratura, invio telematico e cartaceo del referto al medico richiedente.

R&I Genetics offre un servizio di supporto tecnico ai medici richiedenti con operatori formati.

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Metodo di analisi

R&I Genetics utilizza il sequenziamento di nuova generazione (NGS) per analizzare il DNA dei pazienti. Le alterazioni nella sequenza del DNA (chiamate varianti) possono essere dannose e causare condizioni mediche gravi. Molte malattie ereditarie sono causate da varianti del DNA che originano nelle cellule germinali e che sono successivamente presenti in tutte le cellule del corpo umano. 

L'identificazione delle varianti responsabili di malattie può portare ad una diagnosi, determinare la prognosi del paziente e aiutare a selezionare i trattamenti più appropriati.

La tecnologia NGS consente un'analisi completa di migliaia di geni target clinicamente rilevanti in un lasso di tempo che facilita l'intervento clinico. Il sequenziamento NGS rileva diversi tipi di varianti, come sostituzioni nucleotidiche (mutazioni puntiformi) o l'aggiunta/rimozione di nucleotidi (inserzioni e delezioni). R&I Genetics ha inoltre implementato la ricerca mezzo NGS di eventi genetici denominati «copy number variations» (CNV), ovvero delezioni o inserzioni di porzioni nucleotidiche di ampiezza rilevante (spesso uno o più esoni) non riscontrabili con le metodiche tradizionali.

R&I Genetics offre un servizio completo di test genetici a complemento quali CGH array, MLPA, TP-PCR, QF-PCR e sequenziamento Sanger, tutto eseguito interamente nei propri laboratori, in grado di rispondere a tutte le esigenze cliniche in ambito genetico.

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Processo bioinformatico

I dati prodotti dal sequenziamento sono elaborati da una pipeline bioinformatica messa a punto e validata nei nostri laboratori, basata sulle GATK Best Practices del Broad Institute e su implementazioni accelerate (Sentieon o DRAGEN). La pipeline comprende il controllo di qualità, l’allineamento delle sequenze e l’identificazione delle varianti.
Le varianti sono poi filtrate in base alla frequenza allelica nella popolazione e annotate con strumenti di predizione in silico e con database di varianti associate a malattia, pubblici, commerciali e interni, tra cui il database proprietario di R&I Genetics.

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Interpretazione

L’analisi è guidata dal fenotipo (phenotype-driven): sulla base del quadro clinico del paziente, l’interpretazione si concentra su tutti i geni oggi associati alle patologie sospettate. Le associazioni tra geni e patologie sono definite dal nostro gruppo di ricerca e sviluppo a partire dalla letteratura scientifica e da un sistema di correlazione tra fenotipi, malattie e meccanismi molecolari, e sono aggiornate con le nuove evidenze; dove possibile, i geni sono organizzati in sottogruppi correlati.

Poiché l’intero esoma viene sequenziato, l’analisi può essere estesa ad altri geni senza un nuovo prelievo né un nuovo sequenziamento: se il fenotipo evolve o il primo livello di analisi non è conclusivo, è possibile ampliare i geni indagati a partire dagli stessi dati, con modalità concordate con il medico.

Nei casi più complessi, quando il quadro clinico non orienta verso un gruppo definito di patologie o la prima analisi non è conclusiva, si ricorre al reverse phenotyping: le varianti individuate nell’esoma vengono valutate rispetto al quadro clinico, riesaminato insieme al medico, per verificare la corrispondenza tra genotipo e fenotipo.

Le varianti sono classificate secondo i criteri ACMG/AMP (2015) e le successive raccomandazioni ClinGen, sulla base dei database di popolazione e di quelli specifici per gene o malattia, del database proprietario di R&I Genetics, della letteratura scientifica e del quadro clinico del paziente

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Referto analisi multigenica

1 Risultato primario
Risultati relativi al quesito clinico che ha motivato la richiesta
• Varianti identificate
• Commento tecnico
• Revisione della letteratura scientifica rilevante
• Classificazione delle varianti secondo le linee guida ACMG/AMP (2015) e le successive raccomandazioni ClinGen

2 Risultato secondario
Varianti che indicano lo stato di portatore sano del paziente per malattie a trasmissione recessiva
• Dato rilevante per la famiglia del paziente, utile alla consulenza genetica e alla pianificazione riproduttiva

3 Qualità del sequenziamento
A garanzia della qualità dell’analisi
• Indicatori di qualità del test: numero di geni analizzati, copertura media e percentuale delle regioni coperte
• Elenco completo dei geni analizzati, con la relativa copertura

4 Consegna online
Il referto è disponibile sul portale dedicato ai medici non appena emesso, con notifica via e-mail dei nuovi documenti e ricerca mirata dei documenti archiviati.

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Metodo di analisi

Il sequenziamento di nuova generazione (NGS) consente di analizzare in un’unica indagine migliaia di geni clinicamente rilevanti, in tempi compatibili con le esigenze cliniche. Rileva sostituzioni nucleotidiche, piccole inserzioni e delezioni. Grazie a una procedura implementata nei nostri laboratori, rileva anche le variazioni del numero di copie (CNV), cioè delezioni o duplicazioni di uno o più esoni, non rilevabili con il sequenziamento Sanger.

L’identificazione della variante responsabile consente di formulare la diagnosi, orientare la prognosi e, ove possibile, la scelta dei trattamenti, e definire il rischio di ricorrenza nella famiglia.

L’NGS è affiancato da tecnologie e metodiche complementari, tutte eseguite nei nostri laboratori.

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Processo bioinformatico

I dati prodotti dal sequenziamento sono elaborati da una pipeline bioinformatica proprietaria, messa a punto e validata nei nostri laboratori. La pipeline si basa sul workflow BWA-GATK del Broad Institute, con implementazioni ottimizzate (Sentieon o DRAGEN). Comprende il controllo di qualità, l’allineamento delle sequenze e l’identificazione delle varianti.

Le varianti sono poi filtrate in base alla frequenza nella popolazione e annotate con strumenti di predizione in silico e con database di varianti associate a malattie, interni, pubblici e commerciali.

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Interpretazione

L’interpretazione si basa sul sequenziamento dell’esoma e sull’analisi dei geni compresi in pannelli multigenici proprietari, selezionati in base al fenotipo clinico. I pannelli sono sviluppati dal nostro gruppo di ricerca e sviluppo a partire dalla letteratura scientifica e da un sistema di associazione tra fenotipi, malattie e meccanismi molecolari. Dove possibile, sono organizzati in sottogruppi di geni correlati.

Le varianti sono classificate secondo i criteri ACMG/ACGS, valutando database di popolazione e specifici per gene o malattia, il database interno di R&I Genetics, la letteratura scientifica e la storia clinica del paziente. I nostri schemi interpretativi sono stati validati su decine di migliaia di pazienti con malattie rare.

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Il referto

Consegnato al medico specialista richiedente, con tutte le informazioni necessarie all’interpretazione clinica del dato genetico.

Per i casi già analizzati, su richiesta del medico è possibile la rivalutazione dei dati alla luce delle conoscenze più aggiornate.