La tecnica

Il sequenziamento NGS utilizzato da R&I Genetics per l’analisi dei pannelli sfrutta la tecnologia Illumina, considerata oggi lo standard di riferimento per questo tipo di analisi.

Il DNA del paziente, estratto dal prelievo di sangue o di saliva o altro, viene arricchito nel contenuto delle sequenze codificanti le proteine, ovvero l’esoma, utilizzando la metodica SureSelectXT Clinical Research Exome (Agilent). Questa metodica permette un “arricchimento” delle porzioni del DNA (circa 4.800 geni) effettivamente implicate nelle diverse patologie ereditarie definite dalle due più importanti banche dati del settore: Online Mendelian Inheritance In Man (OMIM) e Human Genome Mutation Database (HGMD).

Il campione così arricchito viene sequenziato mediante Illumina HiSeq2500 (paired end 2x125bp). Le sequenze risultanti vengono quindi allineate e sottoposte a controlli di qualità bioinformatica che permettono di valutare l’efficienza del coverage di sequenza (valore medio >98%) ed il relativo depth of coverage (valore medio di 90x). Dopo ulteriori elaborazione dei dati (alignment, SNP, InDel calling, ecc.) vengono creati i files di sequenza, con le relative varianti annotate, utilizzati per l’analisi clinica dei dati genetici.

La Tecnica