L’analisi dei dati

Si tratta certamente della fase più delicata di tutto il processo analitico. Comprende sia la valutazione della qualità dei dati risultanti dal sequenziamento sia, soprattutto, nell’identificazione e selezione delle varianti di significato clinico. Questa fase richiede, oltre alla massima accuratezza, le competenze necessarie a valutare criticamente pubblicazioni scientifiche, evidenze cliniche e banche di dati genetici, alla luce dei risultati acquisiti ed in relazione con il quadro clinico e sintomatologico del paziente.

Ciascuno dei geni esaminati, infatti, presenta di solito, rispetto al DNA di riferimento (reference), numerose differenze (varianti) la gran parte delle quali non ha alcun significato clinico. L’obbiettivo principale dell’analisi è quindi quello di isolare le varianti patogenetiche (mutazioni), distinguendole da quelle funzionalmente neutre e dai polimorfismi. La prima selezione viene fatta sulla base della frequenza della variazione analizzata prendendo in considerazione solo quelle con una frequenza allelica minore o uguale al 5%. Una volta identificate queste varianti viene analizzata la letteratura scientifica e database specifici per valutare se sono già note per essere correlate con il quadro clinico del soggetto in esame. Se non sono già note come clinicamente rilevanti, vengono utilizzati una serie di algoritmi e di valutazioni che permettono di stimarne l’impatto funzionale sulla base di diversi parametri indipendenti.

Una variante genetica, sulla base dei dati scientifici ma sopratutto sull abase dei dati clinici disponibili, può essere classificata come:

  • Patogenica
  • Probabilmente patogenica
  • Significato non noto
  • Benigna

analisi dei dati.